[werk_ag]

Ainda há não muito tempo fiz um factory reset (inadvertidamente) e não parece ter adiantado.

Isto seria uma hipotese remota, e fiz referencia a ela, apenas para descartar essa possivel hipotese.

[StdCalibrate]
[[Corrections]]
rain = 1.25 * rain
rainRate = 1.25 * rainRate

É possível que ao invés de aplicar a conversão ao "rain" a deva aplicar a qualquer um destes (ou a todos):

Daily Rain This value is sent as number of rain clicks. (0.2mm or 0.01in)
Last 15-min Rain This value is sent as number of rain clicks. (0.2mm or 0.01in)
Last Hour Rain This value is sent as number of rain clicks. (0.2mm or 0.01in)
Daily ET This value is sent as the 1000th of an inch.
Last 24-Hour Rain This value is sent as number of rain clicks. (0.2mm or 0.01in)

Parece-me que está a aplicar o multiplicador no local correcto.
Não deverá aplicá-lo em nenhum dos outros.

São todos fornecidos no LOOP e registados no Arquivo?

O LOOP contem apenas o Rain Rate (por hora), Day Rain e Year Rain, valores sempre em numero de cliques.
http://www.davisnet.com/support/weather/...s_v261.pdf

No arquivo (registado no logger), apenas são gravados o Rain Rate, e o numero de cliques ocurridos no periodo correspondente ao arquivo.

Pergunto pq o WeeWX tem duas formas possíveis de obter os dados para registo (record_generation): http://www.weewx.com/docs/usersguide.htm#StdArchive

Sobre isto, poderá tentar mudar o valor por defeito, de hardware para software, talvez seja mesmo a solução.

Dos dados da db, não tirei nenhuma conclusão pois pensava que o valar total da precipitação acumulada era tambem guardado na base de dados.
Algures em algum lugar o Weewx, deve guardar esse valor. A minha suspeita é que esse valor por alguma razão tenha sido inicializado com um valor incorrecto. Não sei como o Weewx faz esses cálculos, com o Cumulos é muito fácil ver nos logs, como são inicializados os valores da preciptação total.
Infelizmente de momento não tenho o Linux instalado para poder correr o Weewx. Talvez consiga instalá-lo no próximo fim de semana.